Năm 1301, Phật hoàng Trần Nhân Tông đã ghé thăm và cầu phúc đức cho dân, lúc đó Hoằng Phúc có tên là Am Tri Kiến. Năm 1716, chúa Nguyễn Phúc Chu đặt tên chùa là Kính Thiên Tự. Năm 1821, vua Minh Mạng trong chuyến ngự giá Bắc tuần, ghé thăm chùa và cho đổi tên là Hoằng Phúc Tự, tục danh chùa Trạm hay chùa Quan.

Trải qua thời gian, chùa đã bị hư hại, chùa bị sụp đổ trong cơn bão số 12 năm 1985. Đến thời điểm năm 2014, có một số hiện vật của chùa được lưu giữ như: mõ, một quả chuông bằng đồng cân 80 kg, cao 1,1m, đường kính 0,5m có tai treo chạm nổi hai con rồng miệng ngậm ngọc cùng nhiều hoa văn tinh xảo, tượng Phật, lư hương, đế đèn, bình hoa, tòa sen.[2]Năm 2010, chùa này được Ủy ban nhân dân tỉnh Quảng Bình xếp hạng là di tích lịch sử cấp tỉnh.